峇眼亚比卫理学校的前身为1922年创办的“光华学校”，1932年更名为“美华学校”。该校曾因战乱遭受破坏并被迫停办，后于1949年复校。1958年1月15日，学校正式更名为“卫理学校”。随着时间的推移，学校不断发展壮大，并先后在四角芭（Pulau Halang）、汊港（Sungai Bakau）利芭咸（Panipahan）等地设立分校。

目前，眼亚比卫理教育机构的领导团队包括：基金会主席Juswanto、机构总主任Zennedy Manik牧师（S.Th.）以及高中部校长许水德（Suwantono Eleks, S.Pd.）。